Las aplicaciones de los SA se ponen en producción, por lo que es importante conocer la eficiencia de estas herramientas. La tarea no es sencilla porque las configuraciones de equipo de cada SA pueden variar bastante, por lo que establecer una base de comparación es complejo.

En general, podemos apreciar la importancia de la administración de memoria, ya que en algunos SA la demanda de memoria es prohibitiva y mal manejada, por lo que las aplicaciones se van haciendo cada vez más lentas.

Otro de los aspectos importantes en la eficiencia es el manejo de persistencia –el proceso de transferir información en memoria a una base de datos y viceversa-, en el caso de los EJBs puede ser configurada para que sea manejada por el SA. Debido a que se trata de un proceso no trivial (mapeo a SQL, manejo de transacciones, seguridad), a menudo no es implementado de forma eficiente; inclusive, en algunos SA, los desarrolladores se ven en la necesidad, de realizar este proceso de persistencia en forma manual.

En términos de eficiencia, mencionaremos que Websphere es bastante rápido, al igual que Dynamo. Weblogic no es tan rápido, aunque sí, más amable.